Осыдан тура 70 жыл бұрын, 1955 жылы Байқоңыр ғарыш айлағын салу туралы шешім қабылданды.
Алғашқы құрылысшылар Төретам станциясына 1955 жылдың қаңтарында келген. Бірақ тек қыркүйекте бірінші стартқа арналған шұңқыр қазу жұмыстары басталған.
Халық тығыздығы аз, қауіпсіздік талаптарына сай келгендіктен осы аймақ таңдап алынған. Небәрі бір жыл ішінде алғашқы нысандар салынып, пайдалануға берілген.
Байқоңыр ғарыш айлағында Гагарин атындағы старт алаңын салу кезінде күтпеген археологиялық олжа табылған. Қазу жұмыстары барысында құрылысшылар 35 метр тереңдікте ежелгі ошақтың іздерін және тұз байланған ағаш отын қалдықтарын анықтап, археологтарды шақырған. Алайда белгісіз себептермен олар келе алмаған. Осыған байланысты табылған ошақ пен отын қалдықтары арнайы жәшікке салынып, зерттеу үшін елордаға жіберілген.
Үш айға созылған зерттеу нәтижесінде табылған заттың жасы 10-30 мың жылдық аралығын қамтитыны анықталған. .
6717 шаршы шақырым аумақты алып жатқан ғарыш айлағынан 1961 жылы алғашқы жасанды спутник және тұңғыш ғарышкер Юрий Гагарин ұшырылды. Оның ұшуы 108 минутқа созылған.
Байқоңырдан 1960 жылдардан бастап 1500-ден астам ғарыш кемесі ұшырылған.
1991 жылы Қазақстан тәуелсіздік алғаннан кейін, Байқоңыр ғарыш айлағы Қазақстан Республикасының меншігіне өтті. Алайда, Ресеймен келісімге сәйкес, 1994 жылы ғарыш айлағы 2050 жылға дейін Ресейге жалға берілді.
Қазіргі таңда Туризм және спорт министрлігі аймақты туризмді дамыту тұжырымдамасын әзірлеуде. Бұл жоба аясында қала мен ғарыш айлағына кіруге арналған рұқсатнамаларды электронды форматта рәсімдеу және туристік объектілерге кіруге өтінімді беру мерзімін қысқарту мәселесі қарастырылуда. Осы өзгерістер енгізілсе, туристерге Байқоңырдағы 1-алаң мен мұражай аймағына бару жеңілдейді.
Бұған дейін туристер Байқоңырға жету үшін Қызылордаға ұшып келіп, одан әрі пойыз немесе автокөлікпен баруға мәжбүр болған. Осы мәселені шешу мақсатында Қазақстан мен Ресей әуе тасымалдаушыларына Байқоңырға тұрақты рейстер орындау құқы берілді. Алдағы уақытта Астана – Байқоңыр, Алматы – Байқоңыр және кері бағытта тұрақты әуе қатынасы іске қосылуы мүмкін.
